-Цитата от Mini Bot МихА 
C:\\boot.ini редактируй!только бэкап сделай.
еще можно Мой Комп>Свойства>Дополнительно>Загурзка и Восстановление> там пару параметров можно настроить
таким образом он удалит только выбор системы при загрузке, а сама виндоуз будет жить.