История красно-сине-белого триколора идет от Алексея Михайловича Романова. Именно он, а не Петр I, начал создание по европейскому образцу российского флота. Флагом первого военного корабля стал этот триколор. С одной стороны цвета схожи с цветами флага Нидерландов (голландцы как раз и строили тот корабль), с другой - это цвета Московского герба - красный, голубой, белый. "Индексирование" гербовых цветов в полоски - как раз европейский подход того времени.

Затем этот триколор стал флагом всего российского флота, затем де-факто государственным.

А вот излюбленный "национал-патриотами" "имперский" триколор (черно-желто-белый) был выдуман в середине 19го века бароном Кене, который заведовал Гербовым отделением и реформировал российскую геральдику по европейскому образцу. Кроме того, Кене был немецким евреем и протестантом, имел славу афериста. Цвета "имперского" триколора - гербовые цвета Романовых, историческое обоснование крайне сомнительно. "Имперский" триколор был принят Александром II в качестве государственного флага, существовал параллельно с красно-сине-белым. Но не прижился, просуществовал недолго - Николай II официально сделал государственным именно красно-сине-белый.

http://igni-ss.livejournal.com/39458.html