думаю лучше всего будет формат ц - затем установка и настройка всего что нужно для работы. потом сохранение образа всего диска на другой винт. и отключение этого второго винта. в случае слета системы и вирусных невзгод просто восстанавливаешь свой ц с того образа.

не знаю какие для этого нужны программы. на маке есть встроенная утилита восстановления диска с образа другого.