читай мануал:

Freeze mixer tracks: Render some Channels to audio and then mute the instruments in the Channel Window or delete them. Remember that FL Studio records mixer tracks so you will select several mixer tracks to record, then mute or remove the Channels feeding those mixer tracks.


тут получается вручную надо всё делать. жмешь на дискет на нужном канале микшера, потом жмешь запись и он сохраняет данный канал как аудио. вставляешь это аудио в плейлист, а ненужный теперь оригинал жмешь Mute. короче говоря у фрукта херово что не автоматизировано.