смотря как устанавливать будешь
можно, например, не форматировать... тогда останутся
можно форматнуть жёсткий и поставить начисто винду -тогда само-собой удалятся

можно сделать, как делаю всегда я, например, разделённый на два логических диска жёсткий....
на одном все файлы, на другом система -самый разумный вариант
систему переустанавливаешь -файлы сохранны