Блин, ну сам подумай. Ты когда винду ставишь, у тебя выскакивают три пункта:
1. Форматирование раздела
2. Быстрое форматирование
3. Оставить файловую систему без изменений.
Но я бы, на твоем месте, копирнул все данные. Так возможны всякие косяки при установке виндовса. Я лично, все на дисках держу. 100 рублей на болванки - тебя не устроят. И заодно можно полностью диск форматнуть - производительность выше будет.