Я хуй знает как там насчет флеша, но в АЕшке можно сделать мульт. Хотя вроде бы, насколько я знаю, для мультов есть специальыне программы типо Anime Studio Pro.

http://www.youtube.com/user/multnovosti?feature=watch Вот допустим аниматор в АЕ делает.

чтобы сделать мульт в AE, отрисовать всё равно придётся в какой-то другой проге. AE больше для монтажа и анимации движения готовых картинок подходит. Клавин клип я монтировал в видеоредакторе Magix Video, который по сути своей примитивен и годится разве что для склейки видосов из отпуска. Сначала рисовал картинки каждую отдельно и на синем фоне в проге Twisted Brush, потом накладывал их по слоям в мэджиксе, убирал синий фон и анимировал движение по мере надобности. Только анимация формы происходила классическим образом - тупо подставлял новую, изменённую картинку. Трудоёмкая канитель, во флеше это всё сразу делать можно, не отходя от кассы. Нарисуешь объект и манипулируй им как пожелаешь. Да и вектор качество даёт, дай Боже.
Anime Studio Pro это некий аналог флеша, судя по всему. Я в ней не сидел, но на всяких видеоуроках сходство заметно.