Каждая папка здесь - реальная папка на жестком диске на пути к плагинам. Перемещай и группируй так, как хочешь. Не уверен правда, что это относится в полной мере к сортировке по производителю, все равно если у тебя есть новые Waves или что-то подобное - он крайне неудобен, а по папкам можно и так распихать.
Конкретно лексикон придется заново переустанавливать по правильному пути, поэтому это единственный плагин к которому у меня ведет аналогичная лесенка))