ну вот есть три древних списка 4-5 века, по которым можно сравнить то, что читаешь сейчас. Все, что было изменено после них, сравнивается с ними. В чем проблема?

1. Александрийский список. Этот том, написанный в V веке н. э., содержит всю Библию за исключением нескольких потерянных листов из Нового Завета (а именно: Мф. 1:1–25:6, Ин. 6:50–8:52 и 2 Кор. 4:13–12:6). Он не включает в себя ничего, что не является частью современной Библии. Рукопись хранится в лондонском Британском музее.
2. Синайский список. Это очень древняя рукопись, датируемая концом IV века. Она содержит весь Новый Завет и значительную часть Ветхого Завета. В течение столетий она хранилась в Санкт-Петербургской императорской библиотеке и была продана британскому правительству за сто тысяч фунтов. В настоящее время также находится в Британском музее.
3. Ватиканский список. Вероятно, это самый древний из сохранившихся полных рукописных списков Библии. Он датируется IV веком и хранится в Ватиканской библиотеке в Риме. Последняя часть Нового Завета (с Евр. 9:14 до конца Откровения) написана рукой, отличной от той, которой написана остальная часть рукописи (вероятно, писец, начавший переписывать текст, по какой-то причине не смог завершить работу).
http://azbyka.ru/religii/islam/gilkrist_bog_ili_prorok_03-all.shtml

А есть еще, например, Свитка Мертвого моря, которые, на секундочку, содержат предсказания Исаии о Иисусе Христе. И датированы они 2 ст. ДО н.э. Как это может объяснить научный атеизм?

Впервые обнаруженные в пещерах Кумранской пустыни близ Мертвого моря в Израиле, эти свитки содержат множество отрывков из Ветхого Завета на древнееврейском языке и датируются II столетием до н. э. Они включают в себя две копии Книги Пророка Исаии, содержащей пророчества о смерти и воскресении Иисуса Христа (см.: Ис. 53:1–12), о Его непорочном зачатии (см.: Ис. 7:14) и о Его божественности (см.: Ис. 9:6–7).

Итак, текст греческого Нового Завета считало надежным фундаментом большинство богословов, которые могли позволить себе пользоваться печатными изданиями в XVI‑XVII веках. В конце концов, почти все издания содержали один и тот же текст. Но иногда ученые не жалели времени на поиски и обнаруживали, что греческие манускрипты отличаются от привычного печатного текста. Мы уже упоминали о том, что Стефан включил в свое издание 1550 года пометки на полях с указанием мест, где в нескольких (общим счетом четырнадцати) просмотренных манускриптах обнаружил разночтения. Позднее, в XVII веке, английские богословы Брайан Уолтон и Джон Фелл при публикации новых изданий гораздо серьезнее отнеслись к несоответствиям, найденным в уцелевших (и имеющихся в их распоряжении) манускриптах. Но почти никто не понимал колоссальных масштабов проблемы текстовых разночтений, пока в 1707 году не вышла потрясшая устои публикация одного из классиков в области текстологии Нового Завета — эта книга совершила переворот в изучении рукописной традиции греческого Нового Завета, открыла путь, побудивший богословов придерживаться более тщательного подхода к текстологическому изучению манускриптов Нового Завета[52].

Этой публикацией стал греческий Новый Завет Джона Милла из Куинс — колледжа, Оксфорд. На сбор материалов для данного издания Миллу понадобилось тридцать лет упорного труда. Текст был позаимствован из редакции Стефана 1550 года, но интерес представлял не сам текст, а список разночтений в нем, приведенный в критическом справочном аппарате. Милл воспользовался примерно сотней греческих манускриптов Нового Завета. Кроме того, он тщательно изучал труды первых отцов церкви и обращал внимание на то, как они цитируют тексты, — исходя из предположения, что изучение этих цитат поможет реконструировать манускрипты, бывшие в распоряжении тех, кто их цитировал. Более того, хотя он не умел читать на других древних языках, кроме латыни, он обратился к более раннему изданию Уолтона, чтобы выяснить, где именно древние варианты текста на таких языках, как сирийский и коптский, расходятся с греческим.

По результатам напряженного тридцатилетнего сбора материалов Милл опубликовал текст вместе со справочным аппаратом, в котором указал места, где имелись разночтения в сохранившихся текстах, доступных ему. К изумлению и ужасу многих читателей, в аппарате Милла насчитывалось около тридцати тысяч таких мест в сохранившихся свидетельствах — тридцать тысяч фрагментов, где в различных источниках Новый Завет цитировался по — разному.

Представленные Миллом материалы не были исчерпывающими. На самом деле он нашел гораздо больше этих тридцати тысяч мест с расхождениями и включил в справочник далеко не все, что обнаружил, — например, в него не вошли случаи изменения порядка слов. Но отмеченных им мест оказалось достаточно, чтобы вывести читающую аудиторию из состояния благодушной уверенности, которую создавала постоянная перепечатка Textus Receptus и естественное допущение, что Т. R. и есть «оригинал» греческого Нового Завета.