Самолеты авиакомпании "Когалымавиа" неоднократно попадали в чрезвычайные происшествия. Об этом сообщается на сайте Росбалт. 24 января 2010 года самолет ТУ-154М, принадлежащий авиакомпании, садился в иранском аэропорту "Мешхед". Посадка вышла настолько грубой, что стойки шасси подломились, хвостовое оперение оторвалось. Пострадали около 40 человек. 1 января 2011 года Ту-154Б-2 сгорел в аэропорту Сургута. Его объяло пламенем полностью всего за 10 минут. Борт не успел оторваться от земли. Возгорание произошло во время руления самолета к взлетно-посадочной полосе из-за взрыва топливных баков. Погибли три пассажира, пострадали 42 человека, 32 из них получили серьезные ожоги.