на самом деле как сам хочешь, многие считают что лучше играть в порядке выпуска, типа как кодзимыч задумывал(в твоем случае 1-2-3-пис волкер), но как по мне - лучше идти по таймлайну для лучшего понимания, то есть 3-пис волкер-1-2. пис волкер совсем необязателен, но если хочешь получше вкатится в историю и не против повествования преимущественно посредством аудио-кассет то можешь проходить.

в портабл опс на псп можешь не играть, он не канон. мгс3 лучше на пс2, на 3дс довольно хуевый порт с кривым управлением и плохим графеном.
Но лучший экспириенс на данный момент это взять какую-нибудь б/у прошитую пс3 и пройти все там с хд графеном в 60 фпс +4 часть.