ну например как я понял ЮСБ иногда делит интеррапт с другими вещами на компе, это может привести к проблемам, если диск не достаточно быстрый тоже... тоесть так как ЮСБ порт всетаки медленнее простой шины данных больше внимания приходится уделять другим настройкам и оптимизациям, иначе могут быть проблемы с синхронностью записи, щелчки, какойто левый шум, итд....