Хуй знает, я не добавлял никаких папок. У меня тоже все в разных папках, но Audition все видит.

Если конечно тебе не лень, попробуй переустановить заново или плагины или саму прогу (точно не помню).
Я так делал, когда у меня Audition не видел Waves.