Нет, Алекс, система может грузится с любого диска, хотя Boot Record должен быть на основном разделе диска. В твоём случае, когда у тебя два диска (я так понял?) Тебе надо в BIOS'е настроить, чтобы система грузилась не с C, а с D. Причём C и D для всех программ (включая ОС) будут заменены местами. По-моему диски так располагаются:

Причем Master Boot может быть Primary/Secondary Master/Slave в зависимости от настроек BIOS'а откуда грузится система!

Master Boot Primary Partition
Primary Master Primary Partition
Primary Slave Primary Partition

Master Boot Secondary Partition Drive 1
Primary Master Secondary Partition Drive 1
Primary Slave Secondary Partition Drive 1
.......
Master Boot Secondary partition Drive X
Primary Master Secondary Partition Drive X
Primary Slave Secondary Partition Drive X

Secondary Master Primary Partition
Secondary Slave Primary Partition

Secondary Master Secondary Partition Drive 1
Secondary Slave Secondary Partition Drive 1
.......
Secondary Master Secondary Partition Drive X
Secondary Slave Secondary Partition Drive X