У меня стояли и на разных дисках (логических) и на одном, разницы никакой. Хотя, конечно лучше, чтоб на разных стояли. Но сейчас у меня стоят на одном. В принципе - 98 винды у меня стоят, как инструмент отладки и взлома XP=) Т.е. я в них работаю очень редко, только когда слетает система, чтоб сначала архивнуть реестр и все параметры, потом переставить XP, сломать его, и восстановить реестр=)