Сделать это довольно не сложно.

Делишь свой винт на две части, если винт не больше 40 ГБ, то используй стандартный fdisk.com
Если диск больше, то создавай системную дискету Partition Magic и дели им.
Форматируешь оба логических диска.

Далее ставь на первый (C:\) свою Win98se.
Как установка закончена, рестартуешь и вставляешь в сидюк диск с WinXP.
И запускаешь установку, когда он тебя спросить, что делать с файловой системой, то выбери пункт, оставить Fat32(как есть).

Если ты этого вдруг случайно не сделаешь, то просто не сможешь из под Win98 видеть содержимоe логич-диска (D:\)

Во время установки WinXP сам сообразит куда ему устанавливаться, он тебя даж об этом и не спросит.

Удачной установки.

P.S. Процедура совершенно не сложная.
Главное делать это в строго описанной мной последовательности.