такая ошибка с VFAT у меня была из за нестыковки драйверов Виндов с новым жестким диском....видимо они неполностью совместимы. Кстати, по моему winbootGUI остался в 98.

слушай, а когда диски вместе - все грузится? то есть ты видишь новый диск??

Как ты его разбил? На сколько разделов? какого размера? какая файловая система? попробуй все таки переустановить винды поверх, у тебя ж есть дистрибутив??