По мнению критиков, Национальный фонд демократии является псевдообщественной организацией, а его деятельность тесно связана с ЦРУ. Как сказал один из основателей самого фонда, Аллен Вайнстайн (англ. Allen Weinstein) в 1991 году, «многое из того, что мы делаем сегодня, 25 лет назад ЦРУ делало тайно».

В 2004 году фонд предоставил исследовательский грант Рейгана-Фасцелла чеченскому сепаратисту Ильясу Ахмадову, которого МИД России называл «пособником террористов», а правоохранительные органы сообщали, что «имеют доказательства связей Ахмадова с Масхадовым и главарем чеченских бандформирований Шамилем Басаевым».

Правозащитник Олег Попов писал, что фонд финансировал российскую организацию «Общество российско-чеченской дружбы», поддерживавшую сепаратистский военно-криминальный режим Дудаева в Чечне. Кроме того, фонд финансировал Московскую Хельсинкскую группу Людмилы Алексеевой и движение «За права человека» Льва Пономарёва.

В 2011 году портал Викиликс опубликовал данные, согласно которым фонд оказывал поддержку арабским молодёжным движениям, которые в дальнейшем приняли активное участие в серии разразившихся на Ближнем Востоке революций 2011 года.